La prima gara ufficiale tra il Cagliari e il Crotone si gioca nel corso della stagione 2000/01. In quell'annata, infatti, i casteddu tornano a giocare nella serie cadetta in seguito alla retrocessione subita al termine del precedente campionato. I pitagorici, invece, compiono il loro debutto in Serie B, dopo la promozione centrata, per la prima volta, alla fine della stagione 1999/00.
L'inedito match Cagliari - Crotone si gioca il 3 settembre 2000, presso lo Stadio Sant'Elia, nel capoluogo sardo. I casteddu del tecnico Gianfranco Bellotto dominano il match, conquistando le prime due reti, con Cammarata al 20' e poi con Sulcis al 39', già nel primo tempo. Nella ripresa, i rossoblu sardi non lasciano tregua ai rossoblu calabresi, tornando a centrare lo specchio della porta avversaria con la doppietta di Melis (52' e 60'). Il Cagliari si aggiudica così quella prima sfida per 4 a 0.
Nonostante la dura sconfitta subita all'andata, il 28 gennaio 2001 gli squali scendono in campo pronti ad ottenere la loro rivincita, guidati dal nuovo allenatore Giuseppe Papadopulo, che sostituisce Antonello Cuccureddu. Nei primi minuti del match, che viene disputato nella cornice dello Stadio Ezio Scida di Crotone, Sculli mette a segno una doppietta per i pitagorici, superando la difesa del portiere avversario Scarpi al 3' e al 16'. Il Cagliari non si dà per vinto e nella ripresa tenta la rimonta, accorciando le distanze con il gol firmato da Beghetto al 74'.
Gli sforzi dei casteddu si rivelano tuttavia invano è la sfida termina con la vittoria dei padroni di casa per 2 a 1. A fine campionato, i rossoblu calabresi siedono in nona posizione, superando quelli sardi fermi all'undicesimo posto. Le due squadre tornano ad incontrarsi nella stagione successiva. La gara di andata del 16 settembre 2001 si rivela molto combattuta e ricca di emozioni per le due tifoserie. L'incontro si tiene in casa dei pitagorici e sulla panchina dei calabresi e dei sardi siedono, rispettivamente, Antonio Cabrini e Antonio Sala. Aprono le danze gli squali, che al 14' trovano la rete del vantaggio con Artistico. Il Cagliari, tuttavia, trova subito il gol del recupero: al 19', Abeijon firma la marcatura del pareggio. I padroni di casa tornano all'attacco con Deflorio che, al 38', sorprende il portiere dei casteddu Pantanelli. Alla fine del primo tempo, il risultato parziale è fermo sul 2 a 1 per gli squali.
Nella ripresa, il Crotone torna ad imporsi con Porchia, al 50', e poi nuovamente con Artistico, al 66'. Pochi minuti più tardi, l'arbitro fischia un calcio di rigore per i casteddu. Melis batte e segna, ma la gara termina comunque in favore dei padroni di casa, che vincono per 5 a 2.
Nel ritorno del 10 febbraio 2002, il Cagliari, ora allenato da Nedo Sonetti, torna a vincere, superando gli avversari per 2 a 0, con le reti di Suazo e di Esposito.
Al termine della stagione, i rossoblu calabresi si classificano solo ventesimi e retrocedono quindi in Serie C1.
Trascorrono diversi anni prima che le due compagini tornino ad incontrarsi sul campo da gioco. In occasione nel campionato di Serie B 2015/16, il Cagliari e il Crotone si sfidano ancora una volta, dando vita a gare dinamiche e ricche di emozioni.
Il match di andata del 7 settembre 2015, giocato in casa dei casteddu, vede i rossoblu sardi battere gli avversari per 4 a 0. I marcatori della giornata sono Farias, Deiola, Sau e Giannetti. Anche la gara di ritorno del 18 gennaio 2016 si rivela particolarmente accesa: le due formazioni si inseguono a suon di reti per tutta la durata della partita, ma, infine, ad avere la meglio sono i pitagorici, che vincono per 3 a 1.
Il Cagliari e il Crotone chiudono il campionato, rispettivamente, occupando la prima e la seconda posizione in classifica. Così, le due squadre vengono promosse insieme in Serie A, dove si sfidano per la prima volta nell'annata successiva.
La prima partita nella massima serie tra i casteddu e i pitagorici si gioca il 2 ottobre 2016 e vede la vittoria dei rossoblu sardi di Massimo Rastelli per 2 a 1, grazie ai gol di Di Gennaro e di Padoin. Nel girone di ritorno, il Cagliari si impone in casa degli squali, recuperando il vantaggio inizialmente acquisito dai rossoblu calabresi con Stoian al 10' e aggiudicandosi ancora una volta il match, con le reti di Joao Pedro e di Borriello.