Le sfide calcistiche tra Spal ed Atalanta non sono molte. Una delle partite che vengono ricordate per il numero di reti segnate risale al 16 dicembre del 1962 presso il Comunale di Ferrara, in occasione del tredicesimo turno di campionato di Serie A 1962-63: 7 gol segnati complessivamente, 5 per gli orobici e 2 per gli estensi. Il match inizia con la Spal che conquista il vantaggio al 3' grazie al gol di Bui. Al 26', arriva la rete del nerazzurro Da Costa, il quale raddoppia firmando una doppietta dieci minuti dopo. Dopo tre minuti, Gentili sigla il terzo gol per l'Atalanta e il primo tempo si chiude 3 a 1 per gli ospiti. L'inizio della ripresa non è favorevole alla formazione di casa, che subisce la quarta rete, ad opera dell'orobico Domenghini, dopo soli due minuti dal fischio di inizio. Al 20' del secondo tempo, il biancazzurro Micheli accorcia le distanze segnando il gol del 2-4 ma inutilmente, poiché, al 39', Domenghini sigla la sua personale doppietta e chiude la partita sul 2-5.
Dopo aver collezionato un insuccesso ed una serie di pareggi contro l'Atalanta nei campionati successivi, la Spal si prende la sua rivincita nella tredicesima giornata di campionato di Serie A 1965-66, disputata il 19 dicembre 1965 presso lo stadio Mazza di Ferrara: 3 a 1 in casa estense grazie alla doppietta di Innocenti e al gol di Massei su rigore. Per l'Atalanta va a segno Enrico Nova. Nell'incontro di ritorno del 24 aprile 1966, giocato sul campo dell'Atleti Azzurri d'Italia di Bergamo, la formazione di casa si impone su quella ospite grazie alla doppietta di Hitchens che decide il match per 2-0.
Nei quattro incontri di andata e ritorno dei campionati seguenti, il risultato si attesta sempre sull'1-0: Atalanta-Spal del 23/10/1966 0-1, Spal-Atalanta del 5/3/1967 1-0, Atalanta-Spal del 31 dicembre 1967 1-0, Spal-Atalanta del 28 aprile 1968 1-0.
Per quanto riguarda le sfide di Coppa Italia, Atalanta e Spal si sono incontrate il 23 agosto del 1996 per disputare il primo turno di Coppa: nello scenario dello stadio Mazza di Ferrara, la Spal batte l'Atalanta per 2-1 grazie alle reti di Sorce e Sussi, mentre per gli orobici va a segno Inzaghi. L'Atalanta aveva perso contro la Spal anche qualche anno prima, precisamente nella stagione di Coppa 1965-66, quando gli estensi si aggiudicarono la partita, valida per il terzo turno di Coppa, per 0 a 2.
Nella stagione 2017/18, la Spal torna ufficialmente a militare nella massima serie, dopo un'assenza durata ben 49 anni. Così, in concomitanza con il ritorno in Seria A, spallini ed orobici ancora una volta scendono in campo per misurarsi nella sfide dei gironi di andata e di ritorno.
La prima gara si svolge il 5 novembre 2017 presso lo stadio Atleti Azzurri D'Italia di Bergamo: il match vede i padroni di casa, guidati dal commissario tecnico Gian Piero Gasperini, portarsi in vantaggio al 23', grazie ad un gol di destro messo a segno da Cristante su assist di Toloi. Nella ripresa, tuttavia, arriva la risposta degli spallini, che con Rizzo superano la difesa del portiere nerazzurro Berisha, riportando il risultato sulla parità. Al triplice fischio dell'arbitro, l'incontro si conclude proprio sull'1 a 1.
Curiosamente, il copione si ripete anche in occasione del successivo match di ritorno, giocato il 7 aprile 2018 in casa della Spal. Questa volta sono gli estensi di Leonardo Semplici a far breccia nella difesa avversaria e a realizzare al 39', con uno spettacolare gol di testa di Cionek. I biancazzurri si mantengono a lungo in vantaggio, poi, al 78', il calcio di rigore assegnato dal direttore di gara agli orobici e battuto da De Roon cambia le carte in tavola, riportando il risultato sull'1 a 1. Ancora una volta, la sfida tra Atalanta e Spal si conclude così con un pareggio.
A fine stagione, la Dea raggiunge la sesta posizione in classifica con 60 punti e conquista l'accesso alle qualificazioni della UEFA Europa League. Al contrario, la Spal siede in fondo alla classifica, in diciassettesima posizione, ottenendo così la salvezza per il rotto della cuffia.
La successiva edizione del campionato vede le due squadre tornare dunque a fronteggiarsi nell'ambito della massima serie. Il primo match è quello del 17 settembre 2018: per l'Atalanta, forte di un inizio di campionato in grande spolvero con il 4 a 0 ottenuto contro il Frosinone, si tratta di uno dei pochi passi falsi della stagione. Nella gara giocata in casa degli spallini, infatti, la formazione nerazzurra fatica non poco ad imporsi e, così, il primo tempo scorre senza azioni degne di nota concludendosi con il risultato ancora fermo sullo 0 a 0. Nella ripresa, gli orobici tentano invano di espugnare la difesa biancazzurra: sconfessando ogni pronostico, i padroni di casa riescono a portarsi in vantaggio al 50', grazie ad un gol del giovane attaccante Petagna, guarda caso proprio ex giocatore dell'Atalanta. Pochi minuti più tardi, al 56', è sempre il giocatore triestino a sorprendere il portiere nerazzurro Gollini, consegnando ai suoi la seconda rete. Il match di andata tra Spal ed Atalanta termina così con la sorprendente vittoria degli estensi, che si impongono per 2 a 0.
Il 10 febbraio 2019, Atalanta e Spal si confrontano ancora in casa degli orobici: ad aprire le danze è nuovamente il bomber biancazzurro Petagna, che segna con un colpo di testa all'8'. Gli estensi riescono a proteggere il vantaggio conquistato per tutto il primo tempo, ma nella ripresa i padroni di casa sembrano trovare la quadra e, al 57', la Dea riporta il risultato sulla parità con Ilicic. La rete della vittoria per i nerazzurri arriva al 79', con il tiro di destro di Zapata che centra lo specchio della porta estense conquistando così il gol del 2 a 1 per l'Atalanta.
La stagione 2018/19 termina con risultati positivi per entrambi le compagini: la Spal può festeggiare ancora una volta la salvezza, ottenuta in questo caso con 42 punti e con la quattordicesima posizione. Per l'Atalanta, l'annata si rivela ancor più ricca di soddisfazioni: non solo la squadra raggiunge la finale di Coppa Italia, dovendo però arrendersi contro la Lazio, ma chiude il campionato con un'inedita terza posizione in classifica, che si traduce in una storica qualificazione alla UEFA Champions League, risultato mai raggiunto in precedenza dal club di Bergamo.
